Auf der Insel Rügen liegt der Mukran Port, Deutschlands nordöstlichster Seehafen mit der geografisch und nautisch kürzesten Distanz ins Baltikum, nach Skandinavien und Finnland. Er hat eine hervorragende Verkehrsanbindung über Schiene, Straße und Seeweg.
Durch die navigatorisch leichte Erreichbarkeit ohne Lotsenpflicht aus dem seeschifftiefen Wasser der Ostsee entstehen Kostenvorteile für Reeder und Kunden. Wassertiefen von bis zu 12,5 Meter und moderne Kaianlagen machen den Hafen für nahezu alle im Ostseeraum verkehrenden Schiffsklassen zugänglich. Selbst für große Kreuzfahrtschiffe bietet er optimale Anlaufmöglichkeiten, den Passagieren steht ein umfangreiches Serviceangebot zur Verfügung.
Die Fährhafen Sassnitz GmbH ist die Hafengesellschaft dieses Ostseehafens, der zugleich der östlichste Tiefwasserhafen der Bundesrepublik ist.
In den 1980er Jahren wurde der Fährhafen in Mukran als eines der letzten großen Verkehrsprojekte der DDR gebaut. Mit ihm sollte vor allem eine leistungsfähige Fährverbindung für den Güterverkehr mit dem damals zur Sowjetunion gehörenden litauischen Klaipėda (Memel) schaffen, um für den Transport von Gütern aus der DDR in die Sowjetunion den langen und durch Transitgebühren kostspieligen Landweg zu umgehen. Zudem galt dieser Weg durch die politische Lage in Polen als unsicher. Am Hafenausbau waren auch zahlreiche Bausoldaten der NVA beteiligt.
Die Verbindung von Mukran nach Klaipeda startete 1986 und wurde bis 1989 auf einen Liniendienst mit fünf Eisenbahnfähren ausgeweitet. Bis zum Ende der DDR war das Gelände Sperrgebiet und nicht allgemein zugänglich. In den frühen 1990er-Jahren wurde ein Großteil der in der DDR stationierten sowjetischen Streitkräfte über Mukran zurückgeführt.
Nach 1990 bekam der bis dahin ausschließlich für den Güter- und Militärverkehr genutzte Hafen zusätzliche Aufgaben. Wegen der Kapazitätsgrenzen im Sassnitzer Stadthafen wurde ab 1995 ein neues Fährterminal gebaut sowie an den vorhandenen Anlegern umfangreiche Umbau- und Erweiterungsarbeiten durchgeführt, um den damals zunehmenden Personenverkehr nach Skandinavien zu bewältigen.
1998 erweiterte man die Gleisanlagen im Hafenbereich für die Abwicklung des Eisenbahnfährverkehrs zwischen Sassnitz und Trelleborg. Nach zweijährigem Ausbau wurde am 7. Januar 1998 der größte deutsche Eisenbahnfährhafen an der Ostsee eröffnet. Seit diesem Tag verkehrt die Königslinie vom Hafen Mukran, der sich seitdem „Fährhafen Sassnitz“ nannte.
Von 2001 bis September 2013 betrieb die Reederei DFDS Seaways die Eisenbahnfährlinie nach Klaipėda in Litauen.
Im Jahr 2011 wurden schließlich die Breitspuraktivitäten privatisiert und die Fährhafen Sassnitz GmbH übernahm die komplette Breitspuranlage mit Ausnahme der Anschlussbahnterminals.
Ebenfalls im Jahr 2011 gründete die Fährhafen Sassnitz GmbH die Hafenbahn „Baltic Port Rail Mukran“ als Tochterunternehmen.
Seit Juni 2012 gibt es eine regelmäßige Fährlinie zwischen Sassnitz und dem russischen Ust-Luga (über Baltijsk), auf der auch Eisenbahnwagen russischer Breitspur trajektiert werden.
Mit der neuen Dachmarke „Mukran Port“ stellt sich die Fährhafen Sassnitz GmbH zum 1. Mai 2016 im Markt neu auf. Die Namensgebung folgt dem Wandel des Standortes in den letzten Jahren vom reinen Fährhafen zu einem der wichtigsten Industrie- und Wirtschaftszentren in Mecklenburg-Vorpommern. Zudem ist Sassnitz-Mukran der Dreh- und Angelpunkt bei der Errichtung und zukünftig auch für Betrieb und Wartung von Offshore-Windparks in der deutschen Ostsee.